Najwyższym organem kolegialnym Uczelni jest Senat, któremu przewodniczy Rektor. Senat podejmuje uchwały wiążące wszystkie organy Uniwersytetu, a także wszystkich jej pracowników i studentów, może również wyrażać opinie w imieniu całej społeczności akademickiej Uczelni.

Najwyższą godność w szkole piastuje Rektor, który kieruje działalnością Uczelni, reprezentuje ją na zewnątrz i jest zwierzchnikiem wszystkich pracowników oraz studentów i doktorantów. W realizacji swoich zadań Rektor współpracuje z czterema Prorektorami: Prorektorem ds. Dydaktyczno-Wychowawczych, Prorektorem ds. Nauki i Współpracy z Zagranicą, Prorektorem ds. Klinicznych, Inwestycji i Współpracy z Regionem, Prorektorem ds. Kadr.

Administracją i gospodarką Uniwersytetu kieruje z upoważnienia Rektora Kanclerz, który podejmuje decyzje dotyczące mienia Uczelni w zakresie zwykłego zarządu z wyłączeniem spraw zastrzeżonych w ustawie lub Statucie dla organów Uczelni. Kanclerzowi podporządkowane są organizacyjnie wszystkie jednostki administracji i obsługi Uczelni, w tym również komórki administracji bezpośrednio związane z organizowaniem i obsługą działalności podstawowej, z wyjątkiem jednostek podlegających bezpośrednio Rektorowi. W realizacji swoich zadań Kanclerz współdziała ze swoimi zastępcami, w tym z Kwestorem.

Wydziałami – podstawowymi jednostkami organizacyjnymi Uniwersytetu – kierują Dziekani, wspierani w realizacji swoich zadań przez Prodziekanów.